Dous anos máis tarde, o profesor Montagnier comunica a existencia dun "novo" virus, illado en persoas da África Occidental afectadas pola SIDA. A historia do descubremento deste segundo axente ten lugar cando a viróloga portuguesa Maria Odette Santos-Ferreira se incorpora ao Instituto Pasteur, para levar a cabo un adestramento nas técnicas de illamento do virus da SIDA e achega unhas mostras de sangue dun enfermo hospitalizado en Lisboa, procedente de Guinea Bissau, cun cadro compatible coa SIDA, no cal non se dera detectado a presencia do VIH polos medios coñecidos. A investigación realizada a partir dese momento permitiu comprobar a existencia doutro virus, da nesma familia que o anterior, que tamén causaba a enfermidade. Así que se decidiu chamarlle VIH-1 ao primeiro dos descubertos e VIH-2 ao segundo.

O VIH-2 produce os mesmos efectos que o VIH-1 (destrúe os mesmos elementos do sistema inmunitario e, polo tanto, causa a SIDA), pero a súa transmisión é máis difícil e, unha vez infectada a persoa, a enfermidade aparece con menor frecuencia e rapidez ca no caso do VIH-1.

A infección polo VIH-2 localízase fundamentalmente na África Occidental, nas antigas colonias portuguesas, cun foco en Guinea-Bissau. En Europa, a maioría das persoas infectadas son de orixe africana. Tamén se dan casos en persoas nacidas en países europeos, que ou ben viviron na África Occidental nalgún momento da súa vida, ou ben mantiveron relacións sexuais con persoas daquela rexión. Portugal é un dos países de Europa con máis casos rexistrados. En Galicia tamén se dan algúns casos, debido ás nosas relacións sociais e comerciais cos países africanos máis afectados, e tamén con Portugal.